部隊(duì)整編后，蘇浙軍區(qū)立即確定了南進(jìn)的部署。2月蘇浙軍區(qū)第一縱隊(duì)開辟了莫干山地區(qū)。正當(dāng)新四軍連續(xù)殲滅日偽軍收復(fù)國土，勝利發(fā)展時(shí)，國民黨第三戰(zhàn)區(qū)卻指令其蘇浙皖邊挺進(jìn)軍、忠義救國軍、保安團(tuán)等共5個(gè)團(tuán)，向新四軍蘇浙軍區(qū)第三縱隊(duì)第七支隊(duì)進(jìn)攻。蘇浙軍區(qū)第一、第三縱隊(duì)奮起自衛(wèi)還擊，從2月12日起，經(jīng)5日激戰(zhàn)殲頑軍1700余人，乘勝解放了孝豐城，取得了第一次天目山反頑自衛(wèi)戰(zhàn)役的勝利。
3月，國民黨軍又向新四軍發(fā)起進(jìn)攻，企圖奪取孝豐城，殲滅蘇浙軍區(qū)主力，驅(qū)逐新四軍出天目山以北地區(qū)。蘇浙軍區(qū)連續(xù)戰(zhàn)斗，再次粉碎了頑軍的進(jìn)攻，乘勝占領(lǐng)了東、西天目山和臨安地區(qū)，取得了第二次天目山反頑自衛(wèi)戰(zhàn)役的勝利。
5月20日，蘇浙軍區(qū)第四縱隊(duì)南渡富春江．與浙東縱隊(duì)一部會(huì)合，打通了浙西與浙東兩塊根據(jù)地的聯(lián)系，22日，國民黨第三戰(zhàn)區(qū)調(diào)集第二十五集團(tuán)軍之第七十九師、突擊總隊(duì)，進(jìn)占新登城周圍，切斷了富春江兩岸新四軍的聯(lián)系。準(zhǔn)備渡江的第四縱隊(duì)第十支隊(duì)被阻于富春江北。蘇浙軍區(qū)命第一縱隊(duì)第一支隊(duì)、第三縱隊(duì)第七支隊(duì)會(huì)同第十支隊(duì)，于5月29日發(fā)起新登戰(zhàn)役，占領(lǐng)了新登縣城。此時(shí)蘇浙軍區(qū)獲悉，國民黨第三戰(zhàn)區(qū)乘機(jī)調(diào)集第二十五集團(tuán)軍14個(gè)主力師，共6.6萬余人，企圖聚殲新四軍于天目山地區(qū)。6月4日，蘇浙軍區(qū)主動(dòng)放棄新登，撤出臨安、天目山地區(qū)。部隊(duì)集結(jié)在孝豐城北地區(qū)，休整待機(jī)，作好自衛(wèi)反擊戰(zhàn)前準(zhǔn)備。6月19日至23日，發(fā)起天目山第三次反頑自衛(wèi)戰(zhàn)，取得勝利。三次天目山反頑自衛(wèi)戰(zhàn)，在軍事上提早實(shí)現(xiàn)了由分散游擊戰(zhàn)到向大兵團(tuán)運(yùn)動(dòng)戰(zhàn)的戰(zhàn)略轉(zhuǎn)變，也為打大兵團(tuán)運(yùn)動(dòng)戰(zhàn)創(chuàng)造和積累了寶貴的經(jīng)驗(yàn)。戰(zhàn)役的勝利，粉碎了頑軍的進(jìn)攻，為堅(jiān)持孝豐、天目山、杭嘉湖敵后新區(qū)，進(jìn)一步鞏固蘇浙皖邊反頑基地創(chuàng)造了有利的條件。