1941年1月25日，新四軍軍部重建大會(huì)在蘇北鹽城隆重舉行，參加會(huì)議的有新四軍指戰(zhàn)員、鹽城各界代表千余人。會(huì)上劉少奇宣布了中共中央軍委關(guān)于重建新四軍軍部的命令，陳毅發(fā)表就職演說。新軍部機(jī)關(guān)以華中新四軍八路軍總指揮部機(jī)關(guān)為基礎(chǔ)組成，設(shè)司令部、政治部、供給部、衛(wèi)生部、軍工部、財(cái)經(jīng)部。新四軍軍部的重建，標(biāo)志著國民黨頑固派妄圖取消新四軍的反動(dòng)命令破產(chǎn)，新四軍從此進(jìn)人了新的發(fā)展時(shí)期。過去，新四軍因受國民黨限制，部隊(duì)編制、活動(dòng)范圍處處受阻，妨礙了新四軍和華中抗日斗爭的發(fā)展，軍部重建后，完全擺脫了國民黨當(dāng)局的限制，在中共中央和中央軍委領(lǐng)導(dǎo)下，可以放手發(fā)展抗日武裝，可以獨(dú)立自主地肩負(fù)起華中敵后抗戰(zhàn)的重任。軍部重建后，由于調(diào)整加強(qiáng)了領(lǐng)導(dǎo)力量，糾正了項(xiàng)英的錯(cuò)誤，保證了中共中央的正確路線在新四軍得到全面貫徹執(zhí)行．新四軍得以更加健康地發(fā)展。新四軍軍部的重建，是新四軍發(fā)展史上新的里程碑；對于堅(jiān)持和發(fā)展華中抗戰(zhàn)?？朔督的媪?，奪取抗戰(zhàn)勝利；都有著十分重要的意義。
新四軍軍部重新成立后，將隴海鐵路以南、長江南北地區(qū)的新四軍八路軍部隊(duì)統(tǒng)一整編為新四軍7個(gè)師又1個(gè)獨(dú)立旅，軍直屬單位還有特務(wù)團(tuán)、總兵站、抗日軍政大學(xué)華中第五分校、魯迅藝術(shù)學(xué)院華中分院，共9萬余人。
第一師，由原新四軍蘇北指揮部及所屬部隊(duì)組成。師長粟裕(侗族)、政治委員劉炎，政治部主任鐘期光。原第一、第二、第三縱隊(duì)依次編為第一、第二、第三旅，共1.3萬余人。第一旅旅長兼政治委員葉飛。第二旅旅長王必成，政治委員劉培善。第三旅旅長陶勇，政治委員劉先勝。第一師活動(dòng)于東瀕黃海，西抵京杭大運(yùn)河，南瀕長江，北至淮安、大岡、斗龍港一線的蘇中抗日民主根據(jù)地，與日本中國派遣軍總司令部駐地和汪精衛(wèi)偽國民政府首都南京及大都市上海隔江相望，擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持蘇中抗日游擊戰(zhàn)爭和作為新四軍主力部隊(duì)進(jìn)行機(jī)動(dòng)作戰(zhàn)的任務(wù)。
第二師，由原新四軍江北指揮部及所轄部隊(duì)組成，師長張?jiān)埔菁?，政治委員鄭位三，副師長羅炳輝，參謀長周駿鳴，政治部主任郭述申。原第四、第五支隊(duì)改編為第四、第五旅，原江北游擊縱隊(duì)編為第六旅。全師1．5萬余人。第四旅旅長梁從學(xué)，政治委員王集成。第五旅旅長成鈞，政治委員趙啟民。第六旅旅長兼政治委員譚希林。第二師還轄津浦路東聯(lián)防司令部、津浦路西聯(lián)防司令部、抗日軍政大學(xué)第八分校。第二師活動(dòng)于東起運(yùn)河，西至淮南鐵路、瓦埠湖，北臨淮河，南瀕長江的淮南抗日民主根據(jù)地，長期擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持淮南抗日游擊戰(zhàn)爭和對西防御國民黨軍東犯的任務(wù)。
第三師．由原八路軍第五縱隊(duì)組成。師長兼政治委員黃克誠，參謀長彭雄，政治部主任吳文玉(吳法憲)。原第一、第二、第三支隊(duì)依次編為第七、第八、第九旅，全師共2萬余人。第七旅旅長彭明治，政治委員朱滌新。第八旅旅長田守堯，政治委員吳信泉。第九旅旅長張愛萍，政治委員韋國清。第三師活動(dòng)于隴海鐵路以南、淮安、大岡、斗龍港以北，東瀕黃海，西至運(yùn)河的蘇北抗日民主根據(jù)地。地處侵華日軍華北、華中兩軍的接合部，是聯(lián)系華北、華中兩大抗日根據(jù)地的樞紐。第三師擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持蘇北抗日游擊戰(zhàn)爭和作為新四軍主力部隊(duì)進(jìn)行機(jī)動(dòng)作戰(zhàn)的任務(wù)。
第四師由原八路軍第四縱隊(duì)組成，師長兼政治委員彭雪楓，參謀長張震，政治部主任蕭望東。原第四、第五、第六旅依次編為第十、第十一、第十二旅。另轄蕭縣獨(dú)立旅、特務(wù)團(tuán)、騎兵團(tuán)、宿東游擊支隊(duì)、抗日軍政大學(xué)第四分校，共1.5萬余人。第十旅旅長劉震，政治委員康志強(qiáng)。第十一旅旅長滕海清，政治委員孔石泉。第十二旅旅長譚友林(未到職，饒子健代)，政治委員賴毅。蕭縣獨(dú)立旅旅長縱翰民，政治委員李中道。第四師活動(dòng)于隴海鐵路以南、淮河以北，新黃河以東，運(yùn)河以西的淮北抗日民主根據(jù)地。扼華中交通樞紐，是聯(lián)系華北和華中抗日民主根據(jù)地的紐帶，又是向東挺進(jìn)蘇北、向西發(fā)展中原的前進(jìn)陣地。第四師擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持淮北抗日游擊戰(zhàn)爭，對西防御國民黨東犯，進(jìn)而向河南省敵后發(fā)展的任務(wù)。
第五師由原新四軍豫鄂挺進(jìn)縱隊(duì)組成。師長兼政治委員李先念，參謀長劉少卿，政治部主任任質(zhì)斌。原所屬部隊(duì)分別編為第十三、第十四、第十五旅及第一、第二游擊縱隊(duì)，鄂豫邊區(qū)抗日保安司令部、鄂豫邊區(qū)黨委警衛(wèi)團(tuán)、鄂南獨(dú)立第五團(tuán)、抗日軍政大學(xué)第十分校，共1.4萬余人。第十三旅旅長周志堅(jiān)，政治委員方正平。第十四旅旅長羅厚福；政治委員張?bào)w學(xué)。第十五旅旅長王海山，政治委員周志剛。第一縱隊(duì)司令員楊經(jīng)曲，政治委員張執(zhí)一。第二游擊縱隊(duì)司令員黃林，政治委員劉子厚。鄂豫邊區(qū)保安司令部司令員鄭紹文，政治委員夏忠武。第五師活動(dòng)于武漢四周，地跨鄂、豫、皖、湘、贛5省邊區(qū)，處于日蔣重兵對峙的險(xiǎn)惡環(huán)境中，長期遠(yuǎn)離軍部，孤懸敵后，擔(dān)負(fù)著獨(dú)立堅(jiān)持鄂豫邊區(qū)抗日斗爭的任務(wù)。
第六師由原在江南的新四軍第二、第三支隊(duì)組成。第二、第三支隊(duì)依次編為第十六旅、第十八旅。師長兼政治委員譚震林，參謀長羅忠毅，另轄江南保安司令部及第四、第五、第六行政區(qū)保安司令部，共6000余人。第十六旅旅長羅忠毅兼，政治委員廖海濤。第十八旅旅長江渭清，政治委員溫玉成。江南保安司令部司令員何克希，政治委員吳仲超。第六師活動(dòng)于西起南京、蕪湖，東至淞滬，北瀕長江，南抵天目山麓的蘇南抗日民主根據(jù)地，戰(zhàn)斗在日偽的心腹地區(qū)，擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持蘇南抗日游擊戰(zhàn)爭的任務(wù)。
第七師由原新四軍無為游擊縱隊(duì)、第三支隊(duì)挺進(jìn)團(tuán)及皖南突圍出來的部隊(duì)組成。師長張鼎丞(未到職)，政治委員曾希圣，參謀長李志高，政治部主任何偉，轄第十九旅及挺進(jìn)團(tuán)，近3000余人。第十九旅旅長孫仲德，政治委員曾希圣兼；第七師活動(dòng)于東起江浦、西到岳西、宿松，南至太平、旌德，北臨合肥，長江橫貫其中的皖江抗日民主根據(jù)地。該地區(qū)是南京的門戶，長江的咽喉，向東可打通與第二、第六師的聯(lián)系，向西可打通與第五師的聯(lián)系。第七師擔(dān)負(fù)著堅(jiān)持皖南和發(fā)展皖中抗日游擊戰(zhàn)爭的任務(wù)。
獨(dú)立旅由八路軍第一一五師教導(dǎo)第五旅組成。旅長粱興初、政治委員羅華生，原轄第十三、第十四團(tuán)依次改編為第一、第二團(tuán)，又以淮海地區(qū)的淮河大隊(duì)改編為第三團(tuán)，共4000余人。該旅主要活動(dòng)于淮海區(qū)與魯南抗日根據(jù)地的接合部。
此后，為了加強(qiáng)對地方抗日武裝的領(lǐng)導(dǎo)，在淮海、蘇中、鹽阜、淮北、誰南等根據(jù)地還先后成立了軍區(qū)和軍分區(qū)。1941年3月，淮海軍區(qū)成立，覃健任命令員、金明任政委；4月，蘇中軍區(qū)成立，粟裕兼任司令員，劉炎兼任政委；9月，鹽阜軍區(qū)成立，洪學(xué)智任司令員，劉彬任政委；10月，淮北蘇皖邊軍區(qū)成立，賴毅任司令員，劉子久任政委；1942年1月，淮南蘇皖邊軍區(qū)成立，楊梅生任司令員，劉順元任政委。